براساس بررسي وضعيت موجود بخش کشاورزي در زيربخش هاي آموزش ، تحقيقات ، توليد، واردات و صادرات مي توان موارد زير را به عنوان مهم ترين دشواري ها و چالش هاي فراروي توسعه در بخش کشاورزي خواند: 1- عدم انجام امور پايه و اساسي بخشي براساس نتايج تحقيقات منطقه اي ، ملي و بين المللي 2- ضعف توان مهارتي توليدکنندگان و عدم استفاده از متخصصان کشاورزي به عنوان بازوي توليدکنندگان 3- عدم گذراندن دوره هاي علمي مهارت آموزي توسط فارغ التحصيلان بخش 4- نبود نظام بيمه اي جامع در بخش کشاورزي به نحوي که خطرپذيري توليد را کاهش دهد و توليدکنندگان ، سرمايه هاي توليد و کل محصولات را در برگيرد. 5- عدم نظارت و کنترل کافي براي حفظ و توسعه پايدار ذخاير ژنتيکي (اعم از دامي ، گياهي و آبزي) 6-پايين بودن بازدهي هر واحد آب مصرفي بخش کشاورزي 7- بحران اشتغال دانش آموختگان بيکار 8- فراهم نبودن بستر مناسب براي توسعه مکانيزاسيون و افزايش توليد در واحد سطح 9- عدم سرمايه گذاري مکفي در امور زيربنايي و توليدي در بخش کشاورزي 10- پايين بودن سهم تحقيقات کشاورزي از توليد ناخالص داخلي 11- ضعف کنترل و نظارت بر توليد و عرضه محصولات کشاورزي داخلي و وارداتي و به مخاطره افتادن امنيت غذايي جامعه 12- شکاف عميق و نابرابر بين وضعيت اقتصادي و اجتماعي شهر و روستا 13- فقدان تضمين کافي براي حمايت قانوني از اشخاص حقيقي و حقوقي که در توليد دانش و فناوري جديد در بخش کشاورزي و منابع طبيعي سهيم هستند 14- ناهماهنگي بين آموزش هاي دانشگاهي و نيازهاي بخش کشاورزي که منجر به کاهش بهره وري نيروي انساني و افت کيفي آموزش در اين بخش مي شود. توجه به اين چالش ها مي تواند کمک بزرگي به توسعه همه جانبه کشور ما باشد.